La Secretaría de Gobernación del Estado de Puebla informó que, pese a algunos incidentes, la jornada electoral en las juntas auxiliares transcurrió con normalidad en el 98% de los casos. De las 659 comunidades donde se tenían previstas elecciones, 12 de ellas no pudieron concluir de manera satisfactoria debido a la falta de condiciones de seguridad y el señalamiento de irregularidades. En San Buenaventura Tecaltzingo la ciudadanía reportó errores en la distribución de logotipos en las boletas, mientras que en Santiago Momoxpan la ausencia de listas nominales provocó la suspensión de comicios.
El proceso estuvo respaldado por la coordinación entre la Fiscalía General del Estado, la Secretaría de Seguridad Pública, la Guardia Nacional, la Secretaría de Marina y las autoridades municipales, quienes llevaron a cabo recorridos y monitoreos para garantizar un ambiente seguro. La dependencia señaló que las actividades de vigilancia se mantuvieron hasta las 18:00 horas, momento en que cerraron las casillas.

Por último, la Secretaría informó que en los casos donde se cancelaron los plebiscitos será responsabilidad de la Comisión Plebiscitaria de cada localidad establecer una nueva fecha para repetir las elecciones, asegurando condiciones de estabilidad social. Para ello, tendrán que tomar en cuenta la cercana fecha del 8 de febrero, momento en el que las nuevas autoridades auxiliares deberán comenzar el ejercicio de sus funciones. Estas son las juntas que tendrán nueva jornada electoral:
- Santiago Momoxpan en San Pedro Cholula
- San Buenaventura Tecaltzingo en San Martín Texmelucan
- Buenavista en Cañada Morelos
- San Mateo Tlaixpan en Tecamachalco
- Xonacatlán en Cuyoaco
- Payuca en Cuyoaco
- El Tronconal en Huaquechula
- San Juan Tejupa en Atzizihuacan
- Tlaxco en Chiconcuautla
- San Nicolás Tetetzintla en Tehuacán
- Tlacotepec de San José Manzano en San Salvador El Verde